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原著論文 - Original paper

45. Yagi Y, Abe R, Tani H*.

“Exploring IDI2-AS1, OIP5-AS1, and LITATS1: changes in long non-coding RNAs induced by the poly I:C stimulation.”

Biol Pharm Bull., 47, 1144-1148, 2024.

ヒト肺がん細胞において、ウイルス感染が新たなメカニズムでlncRNAの発現を誘導することを報告しました

44. Abe R, Yagi Y, Tani H*.

“Identifying long non-coding RNA as potential indicators of bacterial stress in human cells.”

BPB Reports, 6, 226-228, 2023.

ヒト肺がん細胞において、細菌感染が新たなメカニズムでlncRNAの発現を誘導することを報告しました

43. Arai Y, Koike H, Sato S, Sato Y, Iimura Y, Tani H, Yakushi T, Matushita K, Fuse H, Habe H*.

“Detection of gene mutations possibly related to methanol tolerance in Gluconobacter frateurii mutant Gf398.”

Journal of environmental biotechnology, 21, 59-62, 2021.

 

42. Habe H, Sato Y, Tani H, Matsutani M, Tanioka K, Theeragool G, Matsushita K, Yakushi T.

“Heterologous expression of membrane-bound alcohol dehydrogenase-encoding genes for glyceric acid production using Gluconobacter sp. CHM43 and its derivatives”

Appl Microbiol Biotechnol, 105, 6749-6758, 2021.

 

41. Takeshita J*, Toyoda A, Tani H, Endo Y, Miyamoto S.

“Classification of chemical compounds based on the correlation between in vitro gene expression profiles”

Bulletin of Informatics and Cybernetics, 53, 1-14, 2021.

 

40. Tani H*, Yamaguchi M, Enomoto Y, Matsumura Y, Habe H, Nakazato T, Kurata S.

“Naked-eye detection of specific DNA sequences amplified by the polymerase chain reaction with nanocomposite beads”

Anal Biochem, 617, 114114, 2021.

 

39. Aoki H*, Tani H, Nakamura K, Sato H, Torimura M, Nakazato T.

“MicroRNA biomarkers for chemical safety screening identified by RNA deep sequencing analysis in mouse embryonic stem cells.”

Toxicol Appl Pharmacol, 392, 114929, 2020.

38. Tani H*, Numajiri A, Aoki M, Umemura T, Nakazato T.

“Short-lived long noncoding RNAs as surrogate indicators for chemical stress in HepG2 cells and their degradation by nuclear RNases.”

Sci Rep, 9, 1, 20299, 2019.

ヒト肝臓細胞において、lncRNAの量を測定することで化学物質による細胞へのストレス度合いを調べられることを報告しました

37. Tani H*, Matsutani T, Aoki H, Nakamura K, Hamaguchi Y, Nakazato T, Hamada M.

“Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in neural cells derived from mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis.”

Biochem Biophys Res Commun, 512, 641-646, 2019.

36. Tani H*, Takeshita J, Aoki H, Nakamura K, Abe R, Toyoda A, Endo Y, Miyamoto S, Gamo M, Torimura M, Sato H.

“Effect of methyl p-hydroxybenzoate on the culture of mammalian cell.”

Drug Discov Ther, 11, 276-280, 2017.

35. Tani H*, Takeshita J, Aoki H, Nakamura K, Abe R, Toyoda A, Endo Y, Miyamoto S, Gamo M, Sato H, Torimura M.

“Identification of RNA biomarkers for chemical safety screening in mouse embryonic stem cells using RNA deep sequencing analysis.”

PLoS One, 12, e0182032, 2017.

マウスES細胞において、lncRNA が新たな化学物質安全性のスクリーニング手法として有用であることを報告しました

34. Tani H*, Okuda S, Nakamura K, Aoki M, Umemura T.

“Short-lived long non-coding RNAs as surrogate indicators for chemical exposure and LINC00152 and MALAT1 modulate their neighboring genes.”

PLoS One, 12, e0181628, 2017.

ヒト神経細胞において、LINC00152、MALAT1(lncRNA)が隣接する遺伝子の働きを制御していることを報告しました

33. Hermawan I, Furuta A, Higashi M, Fujita Y, Akimitsu N, Yamashita A, Moriishi K, Tsuneda S, Tani H, Nakakoshi M, Tsubuki M, Sekiguchi Y, Noda N*, Tanaka J*.

“Four Aromatic Sulfates with an Inhibitory Effect against HCV NS3 Helicase from the Crinoid Alloeocomatella polycladia.”

Mar Drugs, 15, E117, 2017.

 

32. Tani H*, Sato H, Torimura M.

“Rapid monitoring of RNA degradation activity in vivo for mammalian cells.”

J Biosci Bioeng, 123, 523-527, 2017.

 

31. Tani H*, Takeshita J, Aoki H, Abe R, Toyoda A, Endo Y, Miyamoto S, Gamo M, Torimura M.

“Genome-wide gene expression analysis of mouse embryonic stem cells exposed to p-dichlorobenzene”

J Biosci Bioeng, 122, 329-333, 2016.

 

30. Furuta A, Tsubuki M, Endoh M, Miyamoto T, Tanaka J, Salam KA, Akimitsu N, Tani H, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Sekiguchi Y, Tsuneda S*, Noda N*.

“Identification of hydroxyanthraquinones as novel inhibitors of hepatitis C virus NS3 helicase”

Int H Mol Sci, 16, 18439-18453, 2015.

 

29. Maekawa S, Imamachi N, Irie T, Tani H, Matsumoto K, Mizutani R, Imamura K, Kakeda M, Yada T, Sugano S, Suzuki Y*, Akimitsu N*.

“Analysis of RNA decay factor mediated RNA stability contributions on RNA abundance”

BMC Genomics, 16, 154, 2015.

 

28. Tani H*, Torimura M.

“Development of cytotoxicity-sensitive human cells using overexpression of long non-coding RNAs”

J Biosci Bioeng, 119, 604-608, 2015.

 

27. Tani H, Imamachi N, Mizutani R, Imamura K, Kwon Y, Miyazaki S, Maekawa S, Suzuki Y, Akimitsu N*.

“Genome-wide analysis of long noncoding RNA turnover”

Methods Mol Biol, 1262, 305-320, 2015.

BRIC-seqの実験手順の詳細とコツを報告しました

26. Furuta A, Salam KA, Tani H, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Akimitsu N, Noda N*.

“A fluorescence-based screening assay for identification of hepatitis C virus NS3 helicase inhibitors and characterization of their inhibitory mechanism”

Methods Mol Biol, 1259, 211-228, 2015.

 

25. Tani H*, Onuma Y, Ito Y, Torimura M.

“Long non-coding RNAs as surrogate indicators for chemical stress responses in human-induced pluripotent stem cells”

PLoS One, 9, e106282, 2014.

★ヒトiPS細胞において、lncRNAの量を測定することで化学物質による細胞へのストレス度合いを調べられることを報告しました

24. Salam KA, Furuta A, Noda N, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Tani H, Roy SR, Tanaka J, Tsubuki M*, Akimitsu N*.

"PBDE: Structure-activity studies for the inhibition of hepatitis C virus NS3 helicase"

Molecules, 19, 4006-4020, 2014.

 

23. Furuta A, Salam KA, Hermawan I, Akimitsu N, Tanaka J, Tani H, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Tsubuki M, Peng PW, Suzuki Y, Yamamoto N, Sekiguchi Y, Tsuneda S*, Noda N*.

“Identification and biochemical characterization of halisulfate 3 and suvanine as novel inhibitors of hepatitis C virus NS3 helicase from a marine sponge”

Mar. Drugs, 12, 462-476, 2014.

 

22. Tani H*, Torimura M.

“Identification of short-lived long non-coding RNAs as surrogate indicators for chemical stress response”

Biochem. Biophys. Res. Commun., 439, 4, 547-551, 2013.

 

21. Imamachi N, Tani H, Mizutani R, Imamura K, Irie T, Suzuki Y, Akimitsu N*.

“BRIC-seq: a genome-wide approach for determining RNA stability in mammalian cells”

Methods, 67, 55-63, 2014.

 

20. Furuta A, Salam KA, Akimitsu N, Tanaka J, Tani H, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Tsubuki M, Sekiguchi Y, Tsuneda S*, Noda N*.

“Cholesterol sulfate as a potential inhibitor of hepatitis C virus NS3 helicase”

J. Enzyme Inhib. Med. Chem., 29, 223-229, 2014.

 

19. Salam KA, Furuta A, Noda N, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Tsubuki M, Tani H, Tanaka J*, Akimitsu N*.

“Psammaplin A inhibits hepatitis C virus NS3 helicase”

J Nat. Med., 67, 765-772, 2013.

 

18. Tani H*, Torimura M, Akimitsu N*.

“The RNA degradation pathway regulates the function of GAS5 a non-coding RNA in mammalian cells”

PLoS One, 8, e55684, 2013.

ヒト細胞において、GAS5(lncRNA)の分解機構がGAS5の機能を調節していることを報告しました

17. Fujimoto Y, Salam KA, Furuta A, Matsuda Y, Fujita O, Tani H, Ikeda M, Kato N, Sakamoto N, Maekawa S, Enomoto N, de Voogd NJ, Nakakoshi M, Tsubuki M, Sekiguchi Y, Tsuneda S, Akimitsu N, Noda N, Yamashita A*, Tanaka J*, Moriishi K*.

“Inhibition of both protease and helicase activities of hepatitis C virus NS3 by an ethyl acetate extract of marine sponge Amphimedon sp.”

PLoS One, 7, e48685, 2012.

 

16. Tani H, Imamachi N, Salam KA, Mizutani R, Ijiri K, Irie T, Yada T, Suzuki Y, Akimitsu N*.

“Identification of hundreds of novel UPF1 target transcripts by direct determination of whole transcriptome stability”

RNA Biol., 9, 1370-1379, 2012.

UPF1(RNA 分解因子)の標的を明らかにするために、BRIC-Seq法(RNA の分解速度を測定する手法)が有効であることを報告しました

 

15. Yamashita A, Salam KA, Furuta A, Matsuda Y, Fujita O, Tani H, Fujita Y, Fujimoto Y, Ikeda M, Kato N, Sakamoto N, Maekawa S, Enomoto N, Nakakoshi M, Tsubuki M, Sekiguchi Y, Tsuneda S, Akimitsu N, Noda N, Tanaka J*, Moriishi K*.

“Inhibition of hepatitis C virus replication and viral helicase by ethyl acetate extract of the marine feather star Alloeocomatella polycladia”

Mar. Drugs, 10, 744-761, 2012.

 

14. Mizutani R, Wakamatsu A, Tanaka N, Yoshida H, Tochigi N, Suzuki Y, Oonishi T, Tani H, Tano K, Ijiri K, Isogai T, Akimitsu N*.

“Identification and characterization of novel genotoxic stress-inducible nuclear long noncoding RNAs in mammalian cells”

PLoS One, 7, e34949, 2012.

 

13. Salam KA, Furuta A, Noda N, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Yamashita A, Moriishi K, Nakakoshi M, Tsubuki M, Tani H, Tanaka J*, Akimitsu N*.

“Inhibition of hepatitis C Virus NS3 helicase by manoalide”

J. Nat. Prod., 75, 650-654, 2012.

 

12. Tani H, Mizutani R, Salam KA, Tano K, Ijiri K, Wakamatsu A, Isogai T, Suzuki Y, Akimitsu N*.

“Genome-wide determination of RNA stability reveals hundreds of short-lived non-coding transcripts in mammals”

Genome Res., 22, 947-956, 2012.

★BRIC-Seq法の開発に成功し、全RNA の半減期を調べることで、機能未知のlncRNAを解明する手がかりを発見したことを報告しました

11. Tani H, Nakamura Y, Ijiri K, Akimitsu N*.

“Stability of MALAT-1, a nuclear long non-coding RNA in mammalian cells, varies in various cancer cell.”

Drug Discov. Ther., 4, 235-239, 2010.

 

10. Tani H, Fujita O, Furuta A, Matsuda Y, Miyata R, Akimitsu N, Tanaka J, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Noda N*.

“Real-time monitoring of RNA helicase activity using fluorescence resonance energy transfer in vitro.”

Biochem. Biophys. Res. Commun., 393, 131-136, 2010.

 

9. Miyata R, Adachi K, Tani H, Kurata S, Nakamura K, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Noda N*.

“Quantitative detection of chloroethene-reductive bacteria Dehalococcoides spp. using alternately binding probe competitive polymerase chain reaction”

Mol. Cell Probes., 24, 131-137, 2010.

 

8. Tani H, Miyata R, Ichikawa K, Morishita S, Kurata S, Nakamura K, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Noda N*.

“Universal quenching probe system: flexible, specific, and cost-effective real-time PCR method.”

Anal. Chem., 81, 5678-5685, 2009.

 

7. Morishita S, Tani H, Kurata S, Nakamura K, Tsuneda S, Sekiguchi Y, Noda N*.

“Real-time reverse transcription loop-mediated isothermal amplification for rapid and simple quantification of WT1 mRNA.”

Clin. Biochem., 42, 515-520, 2009.

 

6. Tani H, Akimitsu N, Fujita O, Matsuda Y, Miyata R, Tsuneda S, Igarashi M, Sekiguchi Y, Noda N*.

“High-throughput screening assay for hepatitis C virus helicase inhibitors using fluorescence-quenching phenomenon.”

Biochem. Biophys. Res. Commun., 379, 1054-1059, 2009.

C型肝炎ウイルスの複製に必要なNS3 ヘリカーゼを阻害する物質を発見するための新しいスクリーニング方法の開発を報告しました

5. Noda N*, Tani H, Morita N, Kurata S, Nakamura K, Kanagawa T, Tsuneda S, Sekiguchi Y.

“Estimation of single nucleotide polymorphism allele frequency by alternately binding probe competitive polymerase chain reaction.”

Anal. Chim. Acta., 608, 211-216, 2008.

4. Tani H, Kanagawa T, Morita N, Kurata S, Nakamura K, Tsuneda S, Noda N*.

“Calibration-curve-free quantitative PCR (CF-qPCR): a quantitative method for specific nucleic acid sequences without using calibration curves.”

Anal. Biochem., 369, 105-111, 2007.

 

3. Tani H, Teramura T, Adachi K, Tsuneda S, Kurata S, Nakamura K, Kanagawa T, Noda N*.

“Technique for quantitative detection of specific DNA sequences using alternately binding quenching probe competitive assay combined with loop-mediated isothermal amplification.”

Anal. Chem., 79, 5608-5613, 2007.

 

2. Tani H, Kanagawa T, Kurata S, Teramura T, Nakamura K, Tsuneda S, Noda N*.

“Quantitative method for specific nucleic acid sequences using competitive polymerase chain reaction with an alternately binding probe.”

Anal. Chem., 79, 974-979, 2007.

PCR阻害物質を含むサンプルでも正確な定量が可能な、新規遺伝子定量法であるABC-PCR法を開発したことを報告しました

1. Tani H, Noda N, Yamada K, Kurata S, Tsuneda S, Hirata A, Kanagawa T*.

“Quantification of Genetically Modified Soybean by Quenching Probe Polymerase Chain Reaction.”

J. Agric. Food Chem., 53, 2535-2540, 2005.

総説(英語)- Review
 
4. Kurokara R*, Komiya R, Oyoshi T, Matsuno Y, Tani H, Katahira M, Hitachi K, Iwashita Y, Yamashita T, Kondo K, Yoneda R, Yamaoki Y, Ueda N, Mashima T, Kobayashi N, Nagata T, Kiyoishi A, Miyake M, Kano F, Murata M, Hamad N, Sasaki K, Shoji N.
“Multiplicity in long noncoding RNA in living cells”
Biomedical Sciences, 4, 18-23, 2018.
 
3. Tani H*.
“Short-lived non-coding transcripts (SLiTs): Clues to regulatory long non-coding RNA”
Drug Discov. Ther., 11, 20-24, 2017.
 
2. Tani H, Akimitsu N*.
“Genome-wide technology for determining RNA stability in mammalian cells: Historical perspective and recent advantages based on modified nucleotide labeling”
RNA Biol., 9, 1233-1238, 2012.
 
1. Imamachi N, Tani H, Akimitsu N*.
" Up-frameshift protein 1 (UPF1): Multitalented entertainer in RNA decay."
Drug Discov. Ther., 6, 55-61, 2012. 

 

総説(日本語)
 

10. 谷英典

"ヒト細胞を用いた化学物質の安全性評価"

化学物質の複合影響と健康リスク評価、医歯薬出版株式会社、2024年3月、83-91.

9. 谷英典
“蛍光色素及び修飾核酸を利用した生体分子解析技術の開発とその応用”
分析化学、2019年2月号、109-116.
 
8. 谷英典
“蛍光色素及び修飾核酸を利用した生体分子解析技術の開発とその応用”
ぶんせき、2018年8月号、342.
 
7. 谷英典
“ノンコーディングRNAから生命の謎を解き明かす”
PHARM TECH JAPAN、2018年5月号、18-19.
 
6. 谷英典
“ヒトiPS細胞を用いた水質安全性評価のシステム”
PHARM TECH JAPAN、2018年3月号、125-128.
 
5. 谷英典
“次世代シークエンサーによるノンコーディングRNAの解析”
ぶんせき、2017年10月号、456-458.
 
4. 谷英典
“ヒト細胞を用いた化学物質の安全性評価”
製品含有化学物質のリスク管理、情報伝達の効率化、株式会社 技術情報協会、2017年8月、239-245.
 
3. 谷英典
“ノンコーディングRNA動態解明の最前線”
ぶんせき、2016年6月号、213-214.
 
2. 谷英典、水谷玲菜、鈴木穣、秋光信佳
“RNAの安定性を指標にして機能不明な長鎖ノンコーディングRNAの性質を定義する”
細胞工学、秀潤社、2012年8月号、Vol31、No.8、926-927.
 
1. 野田尚宏、関口勇地、松田泰嘉、谷英典、常田聡
“メタゲノム解析におけるFunction-based screening法の高度化”
マリンメタゲノムの有効利用、シーエムシー出版、2009年7月, 28-40.

 


 
1.谷英典(分担執筆)
“バイオアナリシス – ゲノミクス・トランスクリプトミクス”
分析化学データブック、丸善出版、2021年10月, 203-218.

外部グラント
 
* 経済産業省委託事業(2017年4月~2022年3月)
* 科学研究費補助金(若手B)(2017年4月〜2019年3月)
* 公益財団法人 クリタ水・環境科学振興財団(国内研究助成)(2015年10月〜2016年9月)
* 科学研究費補助金(基盤B/分担)(2015年4月〜2018年3月)
* 科学研究費補助金(若手B)(2014年4月〜2016年3月)
* JST復興促進プログラム(2012年4月 – 2015年3月)
* 科学研究費補助金 特別研究員奨励費(PD)(2009年4月〜2012年3月)
* 科学研究費補助金 特別研究員奨励費(DC2)(2007年4月〜2009年3月)

 

招待講演(国外)- Invited lecture
 
1. ○Tani H.
“Long non-coding RNAs as surrogate indicators for environmental stress response in human cells”
Workshop on Advanced Technologies for Wastewater Reclamation and Reuse, Beijing, China, August 19, 2014. (Oral)

 

招待講演(国内)
 
13. ○谷 英典
“non-coding RNAをバイオマーカーとする化学物質の毒性評価予測”
環境エピゲノミクス研究会(EEG)ネットシンポジウム 2022(秋季)、オンライン、2022年10月29日
 
12. ○谷 英典
“ノンコーディングRNAをエンドポイントとする化学物質の毒性評価予測”
幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアム 2022年度年会、京都、2022年3月1日
 
11. ○谷 英典
“蛍光色素及び修飾核酸を利用した生体分子解析技術の開発とその応用”
第67回日本分析化学会年会、仙台、2018年9月12日
 
10. ○谷 英典
“長鎖ノンコーディングRNAに関するRNA分解からのアプローチ”
第2回長鎖非コードRNA勉強会、東京、2018年5月24日
 
9. ○谷 英典
“ノンコーディングRNAに着目した化学物質の生体影響評価技術の開発”
京都大学iPS細胞研究所セミナー、京都、2017年11月22日
 
8. ○谷 英典
“長鎖ノンコーディングRNAに関するRNA分解からのアプローチ”
第1回長鎖非コードRNA勉強会、東京、2017年5月18日
 
7. ○谷 英典
“大規模ノンコーディングRNA解析を可能とする次世代シーケンサの活用”
第76回分析化学討論会、岐阜、2016年5月28日
 
6. 今村 亮俊、越智 晴香、今町 直登、秋月 源、谷 英典、前川 翔、鈴木 穣、程 久美子、関水 和久、○秋光 信佳
“RNA安定性調節を介した遺伝子発現システムの制御”
第36回日本分子生物学会、神戸、2013年12月4日
 
5. ○谷 英典、今町 直登、入江 拓磨、鈴木 穣、秋光 信佳
“BRIC-seq:ゲノムワイドなRNA分解測定法を用いた新規UPF1標的RNAの同定”
第36回日本分子生物学会、神戸、2013年12月3日
 
4. ○谷 英典
“長鎖ノンコーディングRNAが操る生命現象”
医薬創製教育研究センター特別講演会(徳島大学)、徳島、2013年7月23日
 
3. ○谷 英典
“研究紹介”
早稲田大学、東京、2013年3月
 
2. ○谷 英典
“研究紹介”
早稲田大学、東京、2012年12月
 
1. ○谷 英典
“蛍光消光現象を利用した生体分子解析技術の開発”
産業技術総合研究所、つくば、2010年10月

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